Metagenomica virale applicata ai donatori di sangue e riceventi ad alto rischio di infezioni per via ematica

Background:

La caratterizzazione delle comunità virali associate all’uomo è essenziale per la sorveglianza epidemiologica ed è in grado di anticipare le nuove potenziali minacce per la sicurezza delle trasfusioni di sangue. Nei paesi ad alte risorse e ad alto reddito, il rischio di trasmissione attraverso il sangue dei virus noti (HBV, HCV, HIV e HTLV) è attualmente considerato essere sotto controllo. Tuttavia, altri virus sconosciuti o insospettati possono essere trasmessi ai riceventi di prodotti derivati dal sangue. Per indagare su questo aspetto, la viremia del plasma da individui ad alto rischio di infezioni trasmesse per via parenterale e sessualmente sono state analizzate con metodica di High- throughput sequencing (HTS).

MATERIALI E METODI:

Gli acidi nucleici purificati da due pool di 50 campioni provenienti da riceventi di trasfusioni multiple, e tre pool contenenti sette campioni di plasma sia da HBV, HCV o donatori di sangue con infezione da HIV, sono stati sottoposti a HTS.

RISULTATI:

Sequenze da virus ad anello endemici e HPgV erano evidenziati in tutti i pool. HBV e HCV sequenze sono state rilevate in pool contenenti 3,8 × 103 IU / mL di HBV-DNA e 1,7 × 105 IU / mL di HCV-RNA, rispettivamente, mentre nessuna sequenza di HIV è stata trovata in un pozzetto di 150 copie / ml di HIV RNA. Questo suggerisce una mancanza di sensibilità di HTS nel rilevare bassi livelli di virus. Inoltre, questo studio ha messo in evidenza altre questioni, tra cui la presenza di contaminanti di laboratorio e l’incertezza di attribuzione tassonomica cioè la caratterizzazione di sequenze brevi. Nessuna sequenza suggestiva di una nuova specie virale è stata identificata.

DISCUSSIONE:

Questo studio non ha fatto emergere alcun nuovo virus per via ematica in soggetti ad alto rischio. Tuttavia, virus rari e / o presenti a livelli molto bassi possono esser sfuggiti al nostro protocollo. I nostri risultati dimostrano il contributo positivo di HTS nella rilevazione di sequenze virali presenti nelle donazioni di sangue.


Blood Transfus. 2016 Mar 16:1-8. doi: 10.2450/2016.0160-15. [Epub ahead of print]

Viral metagenomics applied to blood donors and recipients at high risk for blood-borne infections.

Sauvage V1, Laperche S1, Cheval J2, Muth E2, Dubois M2, Boizeau L1, Hébert C2, Lionnet F3, Lefrère JJ1,4, Eloit M2,5,6.

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